Şeyh Yahya Efendi türbesi, Çırağan Sarayının karşısında Yahya Efendi yokuşunda yer alır. 1500’ lerin başlarında Kanuni Sultan Süleyman’ın emriyle Mimar Sinan tarafından inşa edildiği bilenmektedir. bir yapıttır. Yahya Efendi’nin Kanuni Sultan Süleyman’ın süt kardeşi olduğu ve hayatında çok önemli bir rol oynadığı bilinmektedir.Şeyh Yahya Efendi, ilköğrenimini Trabzon’da Müftü Ali Çelebi’den almış, daha sonra İstanbul’a gelerek Zenbilli Ali Efendi tarafından eğitim görmüştür. Uzun yıllar Cambaziye Medresesi’nde müderrislik yaptıktan sonra inzivaya çekilmiş ve Beşiktaş’a yerleşmiştir. Bu inzivasının sebebinin Şehzade Mustafa’nın öldürülmesinin ardından, Kanuni Sultan Süleyman’la ters düşmesi olduğu yaygın bir kanıdır. Bu uzaklaşma kararına bağlı olarak, bugün türbe ve mezarlığının bulunduğu yerde kendisine bir ev, yanına bir mescit, küçük bir medrese, hamam ve çeşme yaptırmıştır.
Halkın çok sevip saydığı bir şahsiyet olarak bilinen Şeyh Yahya Efendi’nin Türbesi, zaman içerisinde sıklıkla ziyaret edilen bir yer olmuştur. özellikle denizciler, her seferden döndüklerinde türbeyi ziyaret etmeyi adet haline gelmişlerdir. Türbe, kare planlı, ahşap bir yapıdır. Türbenin ahşap bir koridora açılan kapısı doğu yönündedir, bu kapının her iki yanında iki katlı birer pencere yer almaktadır. Türbenin tüm duvarlarında da ikişer pencere bulunmaktadır. Bu doğramalardan özellikle doğu ve batı yer alanlarında yapıldığı dönemin üslubuna uygun klasik özellik rahatlıkla fark edilir. Diğer doğramalar ne yazık ki zaman içerisinde yapılan onarımlar sonucunda bu özellikleri kaybetmişlerdir. Türbenin üzeri basık bağdadi bir kubbe ile örtülüdür ve bu kubbe ahşap bir çatının altına gizlenmiştir. Bu kubbenin bu şekli, Pertevniyal Valide Sultan tarafından yaptırılan tadilat sırasında aldığı bilinmektedir. Bunun yanı sıra türbe Sultan II. Mahmut (1808–1839), Sultan II. Abdülhamid (1876–1909) dönemlerinde de çeşitli yenilenmeler geçirmiştir.
Türbenin içerisi devrine uygun kalem işleri ile bezelidir. Türbe içerisinde on bir sanduka bulunmaktadır, bunların çevresine sedef kakmalı korkuluklar ile sınır çizilmiştir. Buralarda Şeyh Yahya Efendi’nin yanı sıra, Kanuni Sultan Süleyman’ın kızı Raziye Sultan, oğlu İbrahim Efendi, annesi Afife Hatun, Sultan II. Abdülhamid’in kızı Hatice Sultan ve oğlu Bedreddin Efendi, Şeyh Mehmet Nuri Şemseddin Efendi, Şeyh Hasan Efendi, Şeyh Yahya Efendi’inin küçük oğlu Şeyh Ali Efendi, Derviş Ali, Yahya Efendi’nin eşi Şerife Hatun’un mezarları bulunmaktadır.
Ayrıca türbe girişinde ve dışarısında Şeyh Yahya Efendi’nin torunlarına, saray ve haneden mensuplarına, devrin önde gelen kişilerine, türbedarlara ve müritlere ait mezarlar bulunmaktadır. Günümüzde türbe İstanbul Türbeler Müdürlüğü’nün yönetiminde olup, ziyarete açıktır. Her gün birçok kişi tarafından ziyaret edilen türbe, yoğun mistik atmosferi, muhteşem manzarası ve tarihi değeriyle Beşiktaş’tan Ortaköy’e uzanan sahil şeridinin en önemli değerlerinden biridir. İstanbul Boğazı’nın dört manevi bekçisinden birisi olduğuna inanılan Yahya Efendiye Üsküdar’da Aziz Mahmud Hüdayi, Beykoz’da Yuşâ Peygamber, Sarıyer’de Telli Baba eşlik eder.